מוזאון "עקבות בעמק" הוא מרכז חינוכי פעיל הכולל אגף ארכיאולוגיה אזורית וים תיכונית, ואגף מורשת "חומה ומגדל". המוזאון נמצא בתחומי גן השלושה (הסחנה) משני עברי הנחל. שני האגפים גם יחד עוסקים בחקר ותיעוד של העקבות והסימנים שהשאירו לנו התושבים, העוברים והכובשים הזרים בעמק בית שאן מקדמת דנא ועד ימינו. באגף לארכיאולוגיה אולמות תצוגה בהם ממצאים ארכיאולוגיים מעתיקות בית שאן ומראשית ההתיישבות בעמק, וכן אוסף חפצי אמנות וכלים מתרבות יוון ורומא, התרבות האטרוסקית ואוספים ממצרים הקדומה ומפרס. במוזאון מוצגם נדירים מתרבויות הים התיכון והאגאי, לרבות
ממצאים מהתרבות האטרוסקית, יוון, פרס ומצרים.
בתחום המוזאון טחנת קמח עתיקה משוחזרת, בית בד משוחזר, גן ארכיאולוגי וגן פסלים.
הפעילויות החינוכיות כוללות סדנאות שונות הקשורות בחיי עמנו סביב עונות השנה בזמן העתיק: "מהחיטה אל הלחם", "בעקבות השמן", סדנא הנקראת "ארכיאולוגיה כהרפתקה", סדנא מיוחדת העוסקת בימי יוון ורומא ופעילויות נוספות.